La Universidad de Évora está dividida en 4 escuelas superiores: Artes, Ciencia y Tecnología, Ciencias Sociales y Enfermería. Ofrece en la actualidad 41 grados y 120 posgrados. La I+D+i abarca varias áreas científicas a través de una red de 14 Unidades de Investigación que están sometidas a evaluación internacional, bajo la coordinación del Instituto de Investigación y Estudios Avanzados.
La Universidad ha creado además tres cátedras en áreas de excelencia: Biodiversidad, Energías Renovables y Patrimonio que son apadrinadas por capital privado. En los últimos años la universidad ha desarrollado una importante relación con la comunidad, una interacción posible gracias a la creación de redes de trabajo e de intercambio de conocimiento, como la participación en el Parque de Ciencia y Tecnología, así como la creación de protocolos y contratos de servicios de colaboración con empresas, universidades, asociaciones e institutos. Las principales áreas de I+D+i son: Agronomía y Biodiversidad; Geografía, Medio Ambiente y Paisajística; Materiales y Ciencias de la Tierra; Economía y Gestión; Informática e Interoperabilidad de Software; Ciencias Sociales y Políticas; Historia, Historia del Arte, Ciencia y Cultura; Matemáticas Aplicadas; Educación; Lingüística y Literatura; Atención a los mayores. Los proyectos de I+D+i actuales son desarrollados a través de colaboraciones nacionales e internaciones, financiados por FP7, FCT e inversión privada.